Začínal u Václava Havla, pracoval ale i pod Václavem Klausem, Mirkem Topolánkem nebo Janem Fischerem. Poslednímu jmenovanému se snažil na Hrad pomoci v prezidentské kampani, byť neúspěšně.

Od 1. dubna bude Jan Novák opět na plný úvazek pracovat pro současnou hlavu státu - Miloše Zemana. Nepříliš nápadný úředník, který ale v posledních letech zastával velmi významná místa ve státní správě.

"Mohu potvrdit, že od dubna nastupuji na pozici ředitele administrativní sekce. Budu mít na starosti styk s veřejností, památkáře, archiv a spisovnu," potvrdil Novák. "Je to pro mne návrat do známého prostředí, strávil jsem tam 12 let," dodal.

Dosud pro Zemana pracoval jen externě jako poradce pro oblast státní správy a státních vyznamenání.

Jeho kariéra ovšem začínala v naprosto odlišném politickém prostředí. V roce 1994 nastoupil jako stážista do prezidentské kanceláře Václava Havla. Po roce se stal stálým zaměstnancem odboru vnitřní politiky, kterému šéfoval Ivan Medek. Postupně se vyprofiloval v odborníka na vnitřní bezpečnost. Druhou oblastí zájmu se pro něj stala státní vyznamenání.

Za úřadování Václava Klause se z Nováka stal ředitel bezpečnostního odboru Hradu.

V roce 2006 pak Novák přešel do týmu opět výrazně odlišného politika - k Mirkovi Topolánkovi. Stal se ředitelem Úřadu vlády a stejně jako v předchozím hradním angažmá setrval zde i po Topolánkově pádu a po jmenováni vlády Jana Fischera, kterou z nestraníků sestavili ODS, ČSSD a zelení.

Socální demokraté sice chtěli člověka, kterého spojovali s Topolánkovou pravou rukou Markem Dalíkem (jsou bývalí spolužáci z fakulty a pracovali spolu i v Havlově prezidentské kanceláři), z vlády vyštípat, nicméně Fischer jej podržel a Novák na Úřadu vlády vydržel až do nástupu Petra Nečase (ODS).

Ten přišel do Strakovy akademie v červnu 2010. O měsíc později oznámil, že Novák odchází na post náměstka ředitele Národního bezpečnostního úřadu. V roce 2012 se Novák vrátil do týmu Jana Fischera jako šéf jeho prezidentské kampaně. Ta však skončila nečekaným fiaskem favorizovaného Fischera v samotné volbě, v níž se nedostal ani do druhého kola.